Aunque los importantes fondos merecerían una sede más adecuada y definitiva, es uno de los más destacados en su género. Abarca la historia hasta el Medievo, recogiendo muestras de la presencia humana en la zona que se remontan a unos 100.000 años, así como restos óseos de la fauna del Cuaternario. Entre las joyas del Paleolítico hay herramientas (arpones, raederas, puntas de sílex) y objetos artísticos como bastones y tallas en hueso. El Neolítico aporta hachas pulimentadas, cerámica y testimonios de la primera agricultura, mientras que con la Edad de Bronce se incorporan espadas, calderos y orfebrería. Otra sección de interés es la correspondiente al periodo cántabro y romano: lápidas, estelas, mosaicos, monedas y piezas de terra sigillata, una característica cerámica sellada de color rojo brillante. De la etapa medieval destacan las piezas procedentes del yacimiento de Santa María de Hito y necrópolis como la de Espinilla.