A Irmandade do Terceiros de S. Francisco do Porto foi instítuida em 1633 numa capela do claustro conventual de S. Francisco e depressa se desenvolveu. Os irmãos decidiram levantar uma igreja adequada à grande afluência de devotos e ao esplendor do culto, construíndo ao lado da Igreja gótica de S. Francisco. A sua construção iniciou-se em 1792 e foi a primeira de estilo neo-clássico.