Foram os frades Eremitas Calçados de Santo Agostinho que começaram a construir o seu convento dedicando-o a S. João de S. Fecundo. Daí o convento se ter chamado de S. João-o-Novo, e mais tarde para ser mais simples, S. João Novo.
Neste convento, abandonado em 1832, encontra-se actualmente instalado o Tribunal Criminal e Correccional, que mantém o antigo nome do convento.
Quanto à igreja, os frades Eremitas Calçados de Santo Agostinho, consideraram-na imprópria e demoliram-na. Foi construida no mesmo sítio uma nova igreja que ainda hoje está ao lado do tribunal.
O estilo de construção da igreja de S. João Novo encontra-se entre o clássico e o barroco.
Alguns entendidos como Carlos de Passos afirma que esta igreja apresenta incorrecções de proporções como, por exemplo, a desproporção das colunas que ladeiam o portal, face à grandiosidade da fachada.
A fachada encontra-se dividida em partes.
A primeira, assenta num estilóbata onde se firmam quatro pilastras. A meio situa-se um portal com duas colunas de cada lado, duas janelas com grades que ladeiam o portal e mais outras duas a nível superior.
A segunda parte, tem seis pilastras que prolongam as do altar inferior e janelas muito parecidas às do primeiro andar.
A terceira parte da fachada é composta por torres laterais e três frontões em que o do meio termina em cruz.
A capela-mor, situada no interior da igreja, é coberta por uma abóbada de pedra. Nas paredes podemos ver quatro portais decorados e com emblemas e legendas alusivas a Nossa Senhora, Santo Agostinho e Santo Patrício.
O altar-mor foi mandado construir pelo bispo D. Frei António de Sousa (1757/ 1766), um frade que pertenceu à Ordem e o seu túmulo (simbólico), encontra-se do lado esquerdo da capela-mor.
O interior também possui uns azulejos decorativos, datados de 1741 e as obras lá encontradas são de origem dos séculos XVII e XVIII.